Ngoài các khu dữ trữ dưới đây, Ecuador còn có nhiều khu dự trữ quốc gia, nơi trú ẩn và vườn ở Ecuador không được liệt kê bởi vì đó là tài sản độc quyền thuộc sở hữu và quản lý bởi tư nhân.

Khu dự trữ sinh thái

Có tất cả 10 khu dự trữ sinh thái quốc gia:[2]

• Khu dự trữ sinh thái Cayambe Coca
• Khu dự trữ sinh thái Arenillas
• Khu dự trữ sinh thái Manglares Churute
• Khu dự trữ sinh thái Antisana
• Khu dự trữ sinh thái Cotacachi Cayapas
• Khu dự trữ sinh thái El Angel
• Khu dự trữ sinh thái Illinizas
• Khu dự trữ sinh thái Manglares Cayapas Mataje
• Khu dự trữ sinh thái Cofán-Bemejo
• Khu dự trữ sinh thái Mache-Chindul

Khu dự trữ sinh học

Có 4 khu dự trữ sinh học quốc gia:[3]

• Khu dự trữ sinh học Cerro Plateado
• Khu dự trữ sinh học El Quimi
• Khu dự trữ sinh học El Cóndor
• Khu dự trữ sinh học quốc gia Limoncocha

Khu bảo tồn động vật hoang dã

Có 10 khu bảo tồn động vật hoang dã:[4]

• Khu bảo tồn động vật hoang dã Pasochoa
• Khu bảo tồn động vật hoang dã Đảo Santa Clara
• Khu bảo tồn động vật hoang dã Đảo Corazón và Fragata
• Khu bảo tồn động vật hoang dã La Chiquita
• Khu bảo tồn động vật hoang dã El Zarza
• Khu bảo tồn động vật hoang dã El Pambilar
• Khu bảo tồn động vật hoang dã Pacoche
• Khu bảo tồn động vật hoang dã El Morro Swamps
• Khu bảo tồn động vật hoang dã Đầm lầy cửa sông Muisne
• Khu bảo tồn động vật hoang dã Đầm lầy cửa sông Esmereldas